La storia di Siena si delinea invece con precisione dal X secolo, quando il potere dei Vescovi si affermò, dopo l’epoca Carolingia: con il loro governo si aprì un periodo di grande prosperità commerciale che valse alla città l’invidia, e dunque le mire espansionistiche, dei Fiorentini, specialmente di quelli di parte guelfa: centro nevralgico della via Francigena, Siena divenne un importante centro economico e la sua storia medievale è un intersecarsi di accanite guerre contro i Comuni vicini.

Costretta dai Fiorentini ad una pace particolarmente gravosa nel 1235, Siena si prese la sua rivincita a Montaperti nel 1260. Rimasta presto priva dei suoi condottieri più coraggiosi, Siena abbandonò il sogno ghibellino e fu guidata dal governo guelfo detto dei Nove, fino al 1355. In questo periodo la città godette di grande benessere e fu arricchita dei suoi più bei monumenti.

Ma proprio agli inizi del 1300 iniziò la parabola del declino, segnata da una grave carestia seguita dalla peste nera che decimò la popolazione: le banche fallirono, le industrie laniere chiusero i battenti schiacciate dalla concorrenza fiorentina, scoppiarono lotte tra fazioni interne alla città. Nel 1355 scoppiò la rivolta contro i Guelfi, mentre figure come Caterina da Siena e papa Piccolomini promettevano la rinascita spirituale ed artistica della città.

Nel 1530 le truppe imperiali di Carlo V entrarono in Siena, tiranneggiando la popolazione che insorse con violenza nel 1552. Due anni dopo l'esercito imperiale attaccò Siena, costringendola alla resa dopo oltre un anno di assedio. La Repubblica senese è sconfitta. La città viene consegnata nel 1559 al Granduca Cosimo I de' Medici, entrando a far parte del Granducato di Toscana e seguendo le sorti della regione; fu annessa al Regno d'Italia, prima fra le città toscane, nel 1859.